La nueva situación política y estratégica de finales del siglo XVIII y principios del XIX obligó a importantes cambios en los objetivos de España en el mar Mediterráneo, eso significo una reducción drástica de la importancia militar de la isla, reduciendo a la mínima expresión el número de la guarnición. Y por si fuese poco, en 1835, con la implantación del sistema constitucional se retiraron todos los privilegios y exenciones de que disfrutaban los tabarquinos. En el Diccionario de Madoz (1845-1850) se describe Tabarca ya en una fase de un importante declive:
Para gobierno de la pobl[ación] y de la isla háy un alc[alde] p[edáneo] dependiente del ayunt[amiento] de Alicante, nombrado por el Gefe Político, un gobernador ó comandante militar, y un alc[alde] de mar, que nombra el comandante de la marina de la prov[incia]. Está edificada con regulares murallas y un espacioso cast[illo] llamado de San Pablo [...] Comprende unas 100 casas habitables, sobresaliendo entre ellas la del gobernador y la del cura; se hallan todas en mal estado, y se distribuyen en 2 calles principales, 6 callejones y una plaza cuadrada [...] con un algibe á cada lado. Sirve de cárcel una torre sit[uada] á 300 varas de dist[ancia] de la c[iudad], en la que hay ademas una igl[esia] parr[oquial] (San Pablo) [...] El comercio es nulo; solo tiene 7 pequeñas tiendas de comestibles que proveen el pueblo de lo necesario á la vida, y un horno que abastece el ramo del pan. Pobl[ación]: 100 vec[inos], 500 alm[as] [...]
Diccionario de Madoz
La guarnición, junto con el gobernador, abandonó la isla en 1850, momento en que empieza realmente el declive de la isla, que no se recuperaría hasta bien entrada la década de 1960. En 1854 se inauguró el faro, que llegó a ser escuela de fareros.
